Madagaskarske ribe su među najugroženijima na planetu. Gubpitak staništa – posebno zbog promjene domaće vegetacije u rižina polja – uz eroziju tla zbog odšumljavanja i uvođenja novih vrta uništilo je domaće endemske vrste. Mnoge madagaskarske jedinstvene vrste riba više ne postoje u divljini.
Madagaskad je okružen koraljnim grebenima koji su izuzetn obogati različitim morskim životom, uključujući i ribe.