Ryby na Madagaskaru jsou jedni z nejvíce ohrožených druhů na planetě. Endemické druhy ohrožuje především ztráta přirozeného prostředí – hlavně přeměna přirozené vegetace na rýžové pole, dále eroze, jež vzniká jako důsledek neustálého odlesňování a konečně zavádění exotických druhů. Několik jedinečných živočišných druhů již z madagaskarské přírody nenávratně vymizelo.
Madagaskar lemují korálové útesy, které napomáhají rozmanitosti mořského života, ryby nevyjímaje.