Spesies ikan Madagaskar temasuk di antara spesies yang paling terancam kepunahan di planet ini. Kerusakan habitat -- terutama karena pengubahan vegetasi alami menjadi sawah -- ditambah erosi akibat penebangan hutan dan masuknya spesies pendatang menyebabkan kebinasaan spesies endemik. Beberapa spesies unik Madagaskar tidak lagi ditemukan di alam liar.
Madagaskar dikelilingi oleh terumbu karang yang menunjang keragaman hayati laut yang kaya, termasuk ikan.