Meskipun Madagaskar terkenal dengan hewan unik dan hutannya yang indah, banyak wilayah di negara ini yang mengalami kerusakan lingkungan yang parah. Banyak hutan hujan di pulau ini ditebangi sehingga lapisan tanah bagian atas yang subur, yang berguna untuk bercocok tanam, menjadi rusak karena erosi. Madagaskar termasuk salah satu negara termiskin di dunia, dan kelangsungan hidup sehari-hari rakyatnya bergantung pada pemanfaatan sumber daya alam. Kebanyakan penduduk Malagasi tidak berkesempatan menjadi dokter, pemrogram komputer, atau sekretaris. Mereka harus menggantungkan hidup pada alam di sekitar mereka, memanfaatkan segala kekayaan alam yang bisa mereka temukan. Kemiskinan mereka merugikan negara dan dunia karena hilangnya keragaman hayati endemik di pulau tempat mereka tinggal.
Masalah lingkungan yang utama di Madagaskar antara lain:
Penebangan hutan dan perusakan habitat
Pembukaan lahan pertanian dengan pembakaran lahan atau hutan
Erosi dan degradasi (penurunan kualitas) tanah
Eksploitasi sumber daya alam secara berlebihan seperti perburuan dan penangkapan spesies liar di luar batas kewajaran
Masuknya spesies luar
Erosi di bagian barat Madagaskar dilihat dari udara