Secara kasarnya, 200,000 spesis dikenalpasti telah ditemui di Madagascar, lebih kurang 150,000 adalah spesis endamik -- ini bermakna mereka muncul di mana sahaja di tempat lain. Apa yang unik mengenai pulau tersebut ialah, mempunyai lebih daripada 50 jenis lemur, 99% spesis katak, dan 36 jenis burung. Madagascar menjadi tempat tinggal kepada 100% lemur yang ada di dunia ini, sebahagian daripada spesis sesumpah, dan 6% spesis katak (walaupun tidak mempunyai kodok).
Sebahagian spesis yang dijumpai di Madagascar mempunyai hubungkait yang rapat dengan spesis di Pasifik Selatan dan Amerika Selatan, tetapi bukannya di Afrika.