Spesis ikan di Madagascar adalah antara yang paling terancam di planet ini. Kehilangan habitat -- terutamanya penukaran penanaman padi secara asli kepada padi sawah -- ditambah dengan hakisan tanah kesan daripada penyahutanan dan pengenalan terhadap spesis eksotik telah memusnahkan spesis endemik. Beberapa spesis Madagascar yang unik tidak lagi dicatatkan dalam rekod hidupan liar.
Madagascar dikelilingi oleh terumbu karang yang menyokong kepada kepelbagaian hidupan laut, termasuklah ikan.