As espécies de peixes existentes em Madagáscar são das mais ameaçadas do planeta. A perda do seu habitat -- especialmente a conversão de vegetação nativa em plantações de arroz -- juntamente com a erosão causada pelo desflorestamento e a introdução de outras espécies exóticas têm vindo a devastar as espécies endémicas de Madagáscar. Algumas das espécies únicas à ilha já não se podem encontrar na natureza.
Madagáscar é cercada por recifes de corais que sustentam uma rica diversidade de vida marinha.