Speciile de peşti din Madagascar sunt unele dintre cele mai ameninţate de pe planetă. Pierderea habitatului - în special conversiunea vegetaţiei native din câmpurile de orez - combinate cu eroziunea, care rezultă din despăduriri şi introducerea unor specii exotice, au devastat specii endemice. Diverse specii unice din Madagascar, nu mai sunt înregistrate în sălbăticie.
Madagascar este inelat de recife de corali, care suportă o mare diversitate de viață de mare, inclusiv de peşti.
Tilapia într-un lac. Tilapia sunt o specie introdusă, care a devinit faimoasă datorită afectării ecosistemelor acvatice în Madagascar. Multe specii aborigene de peşte din Madagascar au dispărut pe cale de dispariție din cauza peștelui Tilapia