Ryby na Madagaskare sú jednými z najohrozenejších na svete. Strata prirodzeného prostredia, hlavne transformácia prirodzenej vegetácie na ryžové polia spojená s eróziou vyplývajúcou z vyrubovania a zavádzaním exotických druhov zdevastovali endemické druhy. Viacero jedinečných druhov živočíchov z Madagaskaru už nie je evidovaných v divočine.
Madagaskar je obkolesený koralovými útesmi, ktoré podporujú bohatú rozmanitosť života v mori, vrátane rýb.